Wie bei Drogenkonsum ist es mittels Haaranalyse auch für Alkohol möglich, sowohl einen Alkoholabusus (gemäß WHO Konsum von mehr als 60 g Alkohol pro Tag über mehrere Monate) als auch ein alkoholabstinentes Verhalten über längere Zeiträume hinweg zu beweisen.
Die im Stoffwechsel aus Fetten freigesetzten höheren Fettsäuren (Myristicinsäure, Palmitinsäure, Stearinsäure, Ölsäure) werden im Körper in Anwesenheit von Ethanol zu den entsprechenden Fettsäure-Ethylestern (FSEE) umgesetzt. Diese werden über die Talgdrüsen im Haar abgelagert. Da Ethanol auch normalerweise im Stoffwechsel intermediär auftritt, ist auch bei alkoholabstinenten Personen eine geringe FSEE-Summenkonzentration (ca. 0,2 ng/mg) im Haar vorhanden. Bei nur gelegentlichen oder mäßigem Trinkverhalten steigt die FSEE-Summenkonzentration auf 0,3-0,5 ng/mg, während Befunde oberhalb 0,5 ng/mg Indiz eines übermäßigen, ab 1 ng/mg chronisch-excessiven Trinkverhaltens sind. Die Bereiche sind dabei überlappend.
Die Methode ist besondern für Personen geeignet, deren Leberwerte (GGT, GOT, etc.) durch andere, nicht alkoholbedingte Erkrankungen erhöht sind. Die FSEE-Bestimmung kann hier als spezifischer Marker zum Nachweis der Abstinenz verwendet werden, was insbesondere für die Wiedererteilung der Fahrerlaubnis im Rahmen der MPU bedeutsam ist.
Bei einer Haarlänge von 6 cm kann ein Zeitraum von ca. 6 bis 12 Monaten begutachtet werden. Als Alternative bei fehlendem oder zu kurzem Kopfhaar (Minimum: 2 cm) können auch Achsel-, Brust-, Bein- und Schamhaar analysiert werden.
Aus den zunächst äußerlich mit n-Heptan entfetteten und fein zerteilten Haaren werden die FSEE extrahiert und nach Derivatisierung, Anreicherung (HS-SPME) mit sehr empfindlicher Nachweismethodik (GC/MS) bestimmt.
Eine weitere Methode stellt die Bestimmung von Ethylglucuronid (EtG) im Haar dar, die jedoch wegen des hohen aparativen Aufwands (LC/MS/MS) bislang nur von wenigen Laboren angewendet wird. Als Nachteil kann hier das Auswaschen des EtG durch häufiges Haarewaschen bei längerem Haar angesehen werden.
Beide Methoden dienen der Differenzierung zwischen Abstinenz, "Normaltrinkern" und excessiven Trinkern. Die Cut-Off-Werte werden international von der Society of Hair Testing empfohlen und dem jeweiligen Stand der Forschung angepasst. Derzeit (Stand: 16.06.2009) gelten Cut-Off-Werte von 30 pg/mg für EtG und 0,8 ng/mg für die FSEE.